Сдружение Професионален Футболен Клуб Ботев е законният наследник от 1990 г. на футболното дружество „Ботев“ от град Пловдив, създадено през март 1912 година. През годините на своето съществуване организацията е носила различни наименования („Хр.Ботев-Футболно дружество“, СК „Ботев“, ДНВ, СКНА, „Тракия“ и др.), но за широката общественост винаги остава популярна с името „Ботев Пловдив“.
Хроника на Сдружението след официалното му учредяване:
- 13.09.1990 – На заседание на пленарния съвет на ФК Ботев се взима решение за регистрирането на клуба като юридическо лице с нестопанска цел.
- 14.11.1990 – ФК Ботев придобива съдебна регистрация. Допреди политическите промени в България спортните дружества са обществени организации, но през 1990 законово се задължават да се регистрират съдебно като сдружения с нестопанска цел по смисъла на тогава действащия Закон за лицата и семействата. Пръв председател на Управителния съвет на Сдружението е г-н Виден Апостолов, дългогодишен футболист на клуба. В последствие тази длъжност се заема последователно от Петър Балджиев (01.10.1992 – 16.01.1993), Христо Данов (16.01.1993 – 04.01.1995), Михаил Маркачев (04.01.1995 – 04.10.1996), Георги Чакъров (14.10.1996 – 16.09.1997), Петко Муравенов (16.09.1997 – 26.11.1997), Веско Коритарев (26.11.1997 – 16.12.1997), Васко Нинов (16.12.1997 – 16.03.1999).
- 19.03.1999 – Съгласно влязъл в сила нов закон за спорта, клубовете, развиващи професионално футбол се задължават да се регистрират по Търговския закон като акционерни дружества. В следствие на тази нова юридическа норма Сдружението провежда свое общо събрание на 19 март, на което се взима решение за създаване на акционерно дружество с име „ПФК Ботев 1912 Пловдив“, което се записва на мястото на „ФК Ботев“ за състезанията на Българския Футболен съюз. Председател (президент) на новото дружество става Димитър Христолов.
- 24.04.2010 – Провежда се общо събрание на което се приема нов устав на Сдружението, променя се наименованието с добавяне на определението „професионален“ и се избира нов управителен съвет от 16 човека – на квотен принцип по четирима от футболните ветерани, от привържениците, от видни общественици и от бизнесмените, съгласили се да поемат издръжката. За председател е избран г-н Марин Бакалов. Възстановява се членството на Сдружението в БФС и се сформира представителен отбор и детско-юношеска школа на мястото на фалиралото акционерно дружество „Ботев 1912“. Според тогавашния регламент Сдружението възобновява състезателните права на отбора си на равнище аматьорски футбол и участие във В група, като „придобива право от отбор, който го притежава“. За целта Управителният съвет отправя предложение към клуб „Металик“ от град Сопот да се влее в организацията и след съгласие, Сдружение „ПФК Ботев“ поема активите и пасивите на аматьорите от Сопот, съответно и правото на участие в Югоизточна В група.
- 02.03.2011 – Сдружението става съучредител на ново акционерно дружество с името „Професионален Футболен Клуб Ботев“.
- 03.12.2018 – Сдружението възвръща притежанието на автентичната си клубна емблема, изработена през ноември 1989 година.